Der Apothekergarten, 1998 als Teil des Sonnengartens angelegt, gehört zu den meistbesuchten Bereichen des Botanischen Gartens. Regelmäßig führen Exkursionen von angehenden Apothekern und Medizinern nach Gütersloh, die sich in den 23 Themenbereichen des Gartens während einer fachkundigen Führung über die weit mehr als 100 Heilpflanzen, deren Wirkstoffe und Anwendungsmöglichkeiten bei gesundheitlichen Beschwerden informieren